# boltz-small-molecule-design

Генерирует новые малые молекулы под белковую мишень с помощью Boltz без готовой библиотеки соединений. Рассчитывает стоимость до запуска и скачивает результаты.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · ★ 7604
- Автор: Boltz · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/boltz-api-cli/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/boltz-small-molecule-design

## Что делает

Скилл автоматизирует de novo дизайн лигандов через утилиту `boltz-api`. Сначала агент готовит структуру мишени: собирает аминокислотные последовательности в `target.entities`, добавляет координаты кармана с нумерацией от нуля и список референсных лигандов. Допустимый объём: от 10 до 1 000 000 молекул. При необходимости поиск сужается до синтезируемого пространства, например `enamine_real`.

Перед отправкой задачи скилл выполняет команду `estimate-cost`. Фиксированная цена составляет $0.025 за молекулу. Агент показывает итоговую сумму в долларах и ждёт явного подтверждения. После подтверждения запускается фоновая загрузка через `download-results`. В Codex команда выполняется с параметром `yield_time_ms: 1000` без операторов `&` или `nohup`, иначе среда может преждевременно завершить дочерние процессы.

Без утилиты `boltz-api` в `PATH` запуск невозможен. Авторизация настраивается через `boltz-api auth login --device-code`. Готовые результаты ранжируются в файле `index.jsonl` по метрике `binding_confidence` или `optimization_score`. Для каждой молекулы агент выводит показатели растворимости и липофильности.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill boltz-small-molecule-design -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill boltz-small-molecule-design -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/boltz-small-molecule-design/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins boltz-small-molecule-design
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/boltz-api-cli/skills/boltz-small-molecule-design
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/boltz-api-cli/skills/boltz-small-molecule-design/SKILL.md

## Когда брать
- сгенерировать новые малые молекулы под заданную белковую мишень
- оценить бюджет расчёта пула лигандов до отправки задачи на сервер
- ограничить химическое пространство доступными для синтеза библиотеками
- отранжировать полученные хиты по аффинности и параметрам растворимости

## Примеры запросов агенту
- Сгенерируй 500 новых молекул под мишень из файла `/data/target.fasta` с карманом связывания
- Оцени стоимость дизайна 2000 лигандов в пространстве enamine_real для нашей последовательности
- Проверь статус скачивания результатов задачи sm-design-kinase-v1 и отфильтруй хиты по solubility

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 593 карточки

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md