# boltz-protein-design

Проектирует связывающие белки, пептиды и антитела под заданную мишень через Boltz API. Пригодится для генерации молекул de novo без ручной разметки скаффолдов.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · ★ 7604
- Автор: Boltz · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: MIT · policy=mirror · начало файла — в конце страницы
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/boltz-api-cli/skills/boltz-protein-design/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/boltz-protein-design

## Что делает

Скилл настраивает пайплайн генерации кандидатов под белковую мишень: от коротких пептидов до нанотел и нестандартных белков. Для новых мишеней агент сначала предлагает фазу разведки примерно на 50 вариантов или прямой запуск, если сайт связывания уже известен. Скрининг существующих библиотек или малых молекул этот инструмент не поддерживает.

Внутри генерируется YAML- или JSON-конфигурация для утилиты `boltz-api`. Скилл проверяет допустимый диапазон от 10 до 1 000 000 структур, при необходимости отсекает гидрофобные мотивы и запускает расчёт стоимости через `estimate-cost`. Запуск не начнётся без подтверждения цены пользователем.

Без установленной в `PATH` утилиты `boltz-api` и авторизации через код устройства расчёты не запустятся. Скачивание результатов идёт в фоновом режиме, а финальный список кандидатов сортируется по метрике `binding_confidence` с разрешением спорных мест через `iptm`.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill boltz-protein-design -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/boltz-protein-design/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill boltz-protein-design -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/boltz-protein-design/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/boltz-protein-design/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/boltz-protein-design/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins boltz-protein-design
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/boltz-protein-design/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/boltz-api-cli/skills/boltz-protein-design
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/boltz-protein-design/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/boltz-api-cli/skills/boltz-protein-design/SKILL.md

## Когда брать
- сгенерировать de novo антитела или нанотела под структуру мишени
- разведать сайт связывания на крупном многодоменном белке
- рассчитать смету генерации пула структур до старта вычислений
- отранжировать полученные структуры по метрике binding_confidence

## Примеры запросов агенту
- Спроектируй нанотело для белковой мишени из файла `target.pdb`, начни с предварительной разведки сайта.
- Подбери пептидный связыватель под заданную последовательность на 50000 вариантов и покажи оценку стоимости.
- Проверь статус фоновой загрузки результатов дизайна белков и отсортируй топ кандидатов по `binding_confidence`.

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10900 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9900 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 593 карточки

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md