# biobankjapan-phewas-skill

Запрашивает ассоциации BioBank Japan для одного генетического варианта по rsID, GRCh37 или GRCh38. Помогает быстро получить сводку фенотипов прямо в диалоге с моделью.

- скилл · `type=skill` · Codex, ChatGPT · 13 установок · ★ 7596
- Автор: OpenAI · официальный репозиторий OpenAI
- Лицензия: LicenseRef-Proprietary · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/life-science-research/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-08
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/biobankjapan-phewas-skill

## Что делает

Скилл обращается к скрипту `scripts/biobankjapan_phewas.py` через стандартный ввод. На вход передаётся JSON с одним обязательным полем: идентификатором `rsid`, координатами `grch37`, `grch38` или общим обозначением `variant`. Перед выполнением запроса инструмент самостоятельно транслирует вариант в каноническую строку вида `chr:pos-ref-alt` для сборки GRCh37.

Результат выводится в виде компактной таблицы Markdown. Инструмент советует начинать с `max_results=10`, чтобы не раздувать контекст модели длинными списками. Если требуются все строки ассоциаций, параметр `save_raw=true` перенаправляет полный массив в файл и возвращает путь `raw_output_path`.

Без установленного интерпретатора Python и файла `scripts/biobankjapan_phewas.py` скилл работать не будет.

## Установка

### Codex (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill biobankjapan-phewas-skill -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Claude Code

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add openai/plugins --skill biobankjapan-phewas-skill -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/biobankjapan-phewas-skill/

### Cursor

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install openai/plugins biobankjapan-phewas-skill
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md`

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/openai/plugins --path plugins/life-science-research/skills/biobankjapan-phewas-skill
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/openai/plugins/tree/HEAD/plugins/life-science-research/skills/biobankjapan-phewas-skill/SKILL.md

## Когда брать
- Найти фенотипические ассоциации BioBank Japan для одного rsID
- Преобразовать координаты сборки GRCh38 в формат GRCh37 перед вызовом BBJ
- Сохранить полный массив ассоциаций в JSON без перегрузки контекста
- Сформировать лаконичную сводку связей варианта с признаками

## Примеры запросов агенту
- Проверь ассоциации в BioBank Japan для rs7903146 и покажи первые 10 результатов
- Запроси фенотипы в BBJ для `10:112998590-C-T` из GRCh38 и сохрани полный ответ в файл
- Найди связи для варианта `10:114758349-C-T` в сборке GRCh37 с лимитом 25 строк

## Похожие
- [anysearch](https://affpapa.org/nevibecode/skills/anysearch.md) — скилл · 38500 установок
- [academic-paper](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper.md) — скилл · 10800 установок
- [nature-figure](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-figure.md) — скилл · 18800 установок
- [academic-paper-reviewer](https://affpapa.org/nevibecode/skills/academic-paper-reviewer.md) — скилл · 9800 установок
- [nature-polishing](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-polishing.md) — скилл · 17500 установок
- [nature-citation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/nature-citation.md) — скилл · 15600 установок

Из того же набора: [openai/plugins](https://affpapa.org/nevibecode/by/openai/plugins.md) — 422 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md