# alphagenome-atlas-website-links

Собирает deep-links на AlphaGenome Atlas: варианты, локусы, таблицы кандидатов и сравнение предсказаний ref и alt.

- скилл · `type=skill` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Gemini CLI, OpenCode · 522 установки · ★ 3329
- Автор: google-deepmind
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=mirror · лицензия открытая, файл — в исходнике
- Исходник: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphagenome-atlas-website-links

## Что делает

Скилл строит и проверяет ссылки для веб-приложения AlphaGenome Atlas. Он умеет четыре вещи: ссылку на разбор одного варианта, вид геномного локуса, таблицу записей кандидатов с уже вшитыми кликабельными ссылками и страницу сравнения предсказаний reference против alternate. Внутри лежит скрипт `scripts/alphagenome_atlas_links.py`, который запускается через `uv run` и принимает подкоманды `variant`, `locus`, `table` и `track-predictions`.

Координаты строго 1-based, вариант пишется как `chr:pos:ref>alt` — например `chr9:128225994:G>A`. Разделители вроде `A:G` и rsID не поддерживаются, ссылка на них просто не соберётся. Фильтры передаются в параметре `f` в формате `KEY:VALUE`. Тут есть подвох: у треков RNA-seq и DNase нет кода транскрипционного фактора, поэтому если оставить в фильтре только `ASSAY_TRANSACTOR_FACTOR`, эти треки пропадут с тепловой карты. Скрипт добавляет `SCORER_MODALITY:RNA-seq` и `SCORER_MODALITY:DNase` сам.

Закреплённые треки с мотивами и логотипами CWM рисуются только на `ACTIVE_ISM` или `RAW_SCORES`, не на `REF_SCORES`. Для обычного просмотра автор советует обходиться секциями без закреплённых треков. Скилл не считает предсказания AlphaGenome — для этого есть `alphagenome-single-variant-analysis` и `alphagenome-variant-impact-score`.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill alphagenome-atlas-website-links -a claude-code
```
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill alphagenome_atlas_website_links -a claude-code
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `~/.claude/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md` — Папка скилла целиком; для одного проекта — .claude/skills/alphagenome_atlas_website_links/

### Codex

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill alphagenome_atlas_website_links -a codex
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.agents/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md` — Для всех проектов — ~/.agents/skills/

### Cursor

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill alphagenome_atlas_website_links -a cursor
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.cursor/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md` — Cursor читает и .agents/skills/, и .claude/skills/

### GitHub Copilot

1. **GitHub CLI**
```bash
gh skill install google-deepmind/science-skills alphagenome_atlas_website_links
```

2. **Вручную: положить файлы**
- Файл: `.github/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md`

### Gemini CLI

1. **Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill alphagenome_atlas_website_links -a gemini-cli
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini skills install https://github.com/google-deepmind/science-skills --path skills/alphagenome_atlas_website_links
```

### Windsurf (Devin Desktop)

**Вручную: положить файлы**
- Файл: `.devin/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md` — Старый путь .windsurf/skills/ тоже читается

### OpenCode

**Через Skills CLI (Vercel)**
```bash
npx skills add google-deepmind/science-skills --skill alphagenome_atlas_website_links -a opencode
```

### Claude.ai

**Claude.ai**
- Упакуйте папку в zip и загрузите в Settings → Capabilities → Skills

Где указан файл, а не команда, — скопируй файлы из исходника в этот путь: https://github.com/google-deepmind/science-skills/tree/HEAD/skills/alphagenome_atlas_website_links/SKILL.md

## Когда брать
- собрать ссылку на разбор одного генетического варианта
- открыть геномный локус в нужном окне
- оформить таблицу вариантов-кандидатов с кликабельными ссылками
- сравнить предсказания reference и alternate для варианта
- показать RNA-seq и DNase рядом с ChIP-seq факторами

## Примеры запросов агенту
- сделай ссылку на вариант chr9:128225994:G>A для K562 с модальностями RNA_SEQ,DNASE,CHIP_TF
- построй таблицу кандидатов из top_variants.json с biosample K562
- дай ссылку на track-predictions для chr15:42387805:C>G и гена CAPN3

## Похожие
- [alphagenome](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphagenome.md) — скилл · 466 установок
- [gtars](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gtars.md) — скилл · 1900 установок
- [bioinformatics-fundamentals](https://affpapa.org/nevibecode/skills/bioinformatics-fundamentals.md) — скилл · 440 установок
- [tooluniverse-disease-research](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-disease-research.md) — скилл · 437 установок
- [tooluniverse-gwas-snp-interpretation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-gwas-snp-interpretation.md) — скилл · 373 установки
- [ukb-topmed-phewas-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/ukb-topmed-phewas-skill.md) — скилл · 13 установок

Из того же набора: [google-deepmind/science-skills](https://affpapa.org/nevibecode/by/google-deepmind/science-skills.md) — 39 карточек

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md