# tooluniverse

Сервер даёт агентам доступ к научным базам, поиску по статьям и биоинформатическим пакетам. Помогает автоматизировать исследовательские сценарии прямо в чате с моделью.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed · ★ 1759
- Автор: mims-harvard
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/tooluniverse

## Что делает

Сервер подключает к модели каталоги научных данных, симуляции и утилиты для анализа публикаций через PubMed или ArXiv. Для снижения нагрузки на контекст предусмотрен компактный режим: он заменяет огромный список инструментов четырьмя-пятью базовыми функциями поиска. Это оставляет место под саму работу с гипотезами и расчётами.

Внутри работают протокол вызова инструментов, двухуровневый кэш в памяти и SQLite, а также консольная утилита `tu`. Для долгих задач вроде молекулярного докинга есть асинхронный режим. Проверить окружение помогает команда `tooluniverse-doctor`.

Для работы требуется Python 3.10 или свежее. На компьютерах Apple Silicon серверу нужна macOS 14, поскольку готовые сборки библиотеки `faiss-cpu` под эту архитектуру не выпускаются для старых версий системы.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Переменные окружения: `OPENAI_API_KEY`, `ANTHROPIC_API_KEY`, `GEMINI_API_KEY`, `OPENROUTER_API_KEY`, `AZURE_OPENAI_API_KEY`, `HF_TOKEN`, `NCBI_API_KEY`, `SEMANTIC_SCHOLAR_API_KEY`, `BIOGRID_API_KEY`, `DISGENET_API_KEY` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env ANTHROPIC_API_KEY=<ANTHROPIC_API_KEY> --env GEMINI_API_KEY=<GEMINI_API_KEY> --env OPENROUTER_API_KEY=<OPENROUTER_API_KEY> --env AZURE_OPENAI_API_KEY=<AZURE_OPENAI_API_KEY> --transport stdio tooluniverse -- uvx tooluniverse
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 12 переменных окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from tooluniverse <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add tooluniverse --env OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> --env ANTHROPIC_API_KEY=<ANTHROPIC_API_KEY> --env GEMINI_API_KEY=<GEMINI_API_KEY> --env OPENROUTER_API_KEY=<OPENROUTER_API_KEY> --env AZURE_OPENAI_API_KEY=<AZURE_OPENAI_API_KEY> -- uvx tooluniverse
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 12 переменных окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from tooluniverse <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "tooluniverse": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "tooluniverse"
            ],
            "env": {
                "OPENAI_API_KEY": "<OPENAI_API_KEY>",
                "ANTHROPIC_API_KEY": "<ANTHROPIC_API_KEY>",
                "GEMINI_API_KEY": "<GEMINI_API_KEY>",
                "OPENROUTER_API_KEY": "<OPENROUTER_API_KEY>",
                "AZURE_OPENAI_API_KEY": "<AZURE_OPENAI_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 12 переменных окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from tooluniverse <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "tooluniverse": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "tooluniverse"
            ],
            "env": {
                "OPENAI_API_KEY": "<OPENAI_API_KEY>",
                "ANTHROPIC_API_KEY": "<ANTHROPIC_API_KEY>",
                "GEMINI_API_KEY": "<GEMINI_API_KEY>",
                "OPENROUTER_API_KEY": "<OPENROUTER_API_KEY>",
                "AZURE_OPENAI_API_KEY": "<AZURE_OPENAI_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 12 переменных окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from tooluniverse <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e OPENAI_API_KEY=<OPENAI_API_KEY> -e ANTHROPIC_API_KEY=<ANTHROPIC_API_KEY> -e GEMINI_API_KEY=<GEMINI_API_KEY> -e OPENROUTER_API_KEY=<OPENROUTER_API_KEY> -e AZURE_OPENAI_API_KEY=<AZURE_OPENAI_API_KEY> tooluniverse uvx tooluniverse
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 12 переменных окружения — в README сервера. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from tooluniverse <команда>

## Когда брать
- искать научные публикации по базам PubMed и ArXiv
- запускать молекулярный докинг и симуляции в асинхронном режиме
- сократить расход контекстного окна агента через компактный режим инструментов
- проверять зависимости научных пакетов с помощью утилиты `tooluniverse-doctor`

## Примеры запросов агенту
- Найди недавние статьи по лечению редких заболеваний на PubMed и сопоставь их выводы.
- Запусти поиск в ArXiv по белковым структурам и сохрани найденные идентификаторы.
- Проверь статус установленных научных пакетов через `tooluniverse-doctor`.

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md