# Thermo Orbitrap (Instrument API)

Мост между ИИ-агентом и масс-спектрометрами Thermo Orbitrap через официальный Instrument API. Позволяет считывать профили сканирования и управлять съёмкой данных.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 23
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/lab-instrument-mcps/tree/HEAD/servers/chemistry/thermo-iapi
- Обновлён: 2026-09-26
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/thermo-orbitrap-instrument-api

## Что делает

Сервер связывает агента с масс-спектрометрами Orbitrap семейств Tribrid, Exploris (кроме модели 120) и Q Exactive через .NET API от Thermo Fisher Scientific. Модель может запрашивать статус вакуума, читать поток спектров с фильтрацией по порядку MS, ставить одиночные или повторяющиеся сканы и начинать запись в файл raw.

Для запуска на компьютере спектрометра под Windows нужен Python 3.10+ и пакет `pythonnet`. Самих библиотек Thermo в репозитории нет из-за юридических ограничений. Пользователь обязан сам получить подписанное лицензионное соглашение IAPI, установить софт Tune и скопировать нужные DLL в рабочую папку.

Код проверялся только на программном симуляторе FakeOrbitrap и пока не тестировался на реальном оборудовании. Для отладки без спектрометра доступен флаг `--simulate`, имитирующий Exploris 480, Eclipse или Q Exactive HF. При этом приборы Orbitrap Astral данным API не поддерживаются вовсе.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Переменные окружения: `LABMCP_ADDRESS`, `LABMCP_SIMULATE`, `LABMCP_READ_ONLY`, `LABMCP_LIMITS` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> --transport stdio thermo-iapi -- uvx labmcp-thermo-iapi
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-thermo-iapi <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add thermo-iapi --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> -- uvx labmcp-thermo-iapi
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-thermo-iapi <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "thermo-iapi": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "labmcp-thermo-iapi"
            ],
            "env": {
                "LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
                "LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
                "LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
                "LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-thermo-iapi <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "thermo-iapi": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "labmcp-thermo-iapi"
            ],
            "env": {
                "LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
                "LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
                "LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
                "LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-thermo-iapi <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> -e LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> -e LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> -e LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> thermo-iapi uvx labmcp-thermo-iapi
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-thermo-iapi <команда>

## Когда брать
- считывать показатели вакуума и режим спектрометра в реальном времени
- запускать и останавливать сбор данных в raw-файл
- настраивать одиночные и циклические сканы через IAPI
- отслеживать поток спектров с фильтрацией центроидов
- тестировать автоматизацию прибора на симуляторе без доступа к спектрометру

## Примеры запросов агенту
- Проверь текущий статус спектрометра и давление вакуума
- Запусти симуляцию Exploris 480 и покажи последние зарегистрированные сканы MS1
- Отмени все ожидающие кастомные сканы на приборе

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 584
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md