# STRING Database MCP Server

Даёт агенту доступ к базе STRING: сети взаимодействий белков, обогащение, аннотации и поиск гомологов. Пригодится, когда нужно разобрать PPI прямо в чате.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 7
- Автор: meringlab
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/meringlab/string-mcp
- Обновлён: 2026-10-02
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/string-database-mcp-server

## Что делает

Сервер оборачивает API STRING в интерфейс MCP. Агент получает инструменты для разрешения идентификаторов белков, выгрузки сетей взаимодействий, их кластеризации и визуализации, поиска гомологов между видами и анализа функционального обогащения с графиками. Отдельно доступны курируемые аннотации и запросы белков по функции или болезни через GO, KEGG, Reactome и DISEASES.

Внутри — Python-сервер на FastMCP. Понадобится Python 3.11 или новее: на 3.10 описания необязательных параметров в схемах инструментов встают не на свои места. Зависимости перечислены в `requirements.txt` — `fastmcp==2.14.7`, `mcp==1.29.0`, `httpx>=0.28,<0.29`, `pydantic>=2.11,<3.0`. Если сервер падает при запуске, дело почти наверняка в несовместимой версии FastMCP. Настройки читаются из `config/server.config` в формате JSON: адрес API, порт и уровень подробности ответов.

Есть два пути. Локально: клонировать репозиторий, поставить зависимости и запустить `python server.py`, а для клиента, который сам поднимает процесс, — `python server.py --stdio`. Либо подключиться к размещённому эндпоинту `https://mcp.string-db.org` и не держать ничего у себя. Второй вариант проще, но все запросы уходят на чужую сторону.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Удалённый сервер: `https://mcp.string-db.org/`

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
claude mcp add --transport http string-mcp https://mcp.string-db.org/
```

### Codex

**Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
codex mcp add string-database-mcp-server --url https://mcp.string-db.org/
```

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "string-database-mcp-server": {
            "url": "https://mcp.string-db.org/"
        }
    }
}
```

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "string-database-mcp-server": {
            "type": "http",
            "url": "https://mcp.string-db.org/"
        }
    }
}
```

### Gemini CLI

**Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
gemini mcp add -t http string-database-mcp-server https://mcp.string-db.org/
```

## Когда брать
- выгрузить сеть взаимодействий для списка белков
- найти гомологи белка в другом виде
- прогнать функциональное обогащение и получить график
- посмотреть, какие доказательства стоят за связью двух белков
- найти белки по болезни или функции

## Примеры запросов агенту
- Разреши идентификаторы этих белков в STRING и покажи их метаданные
- Построй сеть взаимодействий для списка генов и кластеризуй её
- Прогони обогащение по GO и KEGG для этого набора белков

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 584
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md