# rosetta-mcp-server

MCP-сервер, через который ИИ-ассистент запускает протоколы RosettaScripts, считает энергии структур и переводит код между PyRosetta и Biotite.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 19
- Автор: Arielbs
- Лицензия: не указана · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/Arielbs/rosetta-mcp-server
- Обновлён: 2026-04-05
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/rosetta-mcp-server

## Что делает

Сервер даёт агенту 18 инструментов. Через них он ищет справку по муверам и скор-функциям, тянет живую документацию с rosettacommons.org, проверяет XML-протокол и запускает его на PDB-файле. Отдельная группа инструментов переводит RosettaScripts XML в код PyRosetta: разбирает 37 типов элементов вместе с атрибутами `repeats`, `cartesian`, `threshold` и дочерними `MoveMap` и `Reweight`. Что не разобралось, сервер перечисляет в отчёте.

Интеграция с Biotite устроена как справочник соответствий в обе стороны плюс перевод целых скриптов. На вопросы про дизайн и оптимизацию структуры ответ будет прямой: в Biotite такого нет, нужна PyRosetta. Есть инструменты проверки окружения: версия Python, установленные пакеты, наличие PyRosetta, поиск бинарника `rosetta_scripts` и его автоустановка.

Работать без подготовки не выйдет. Нужен Python с PyRosetta в отдельном окружении и путь к бинарнику Rosetta в переменной `ROSETTA_BIN`. Установка PyRosetta через встроенный инструмент идёт 10-30 минут, так что первый запуск лучше не делать в спешке.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)
- Переменные окружения: `ROSETTA_BIN`, `PYTHON_BIN`, `MCP_DEBUG` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> --env PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> --env MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> --transport stdio rosetta-mcp-server -- npx -y rosetta-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add rosetta-mcp-server --env ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> --env PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> --env MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> -- npx -y rosetta-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "rosetta-mcp-server": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "rosetta-mcp-server"
            ],
            "env": {
                "ROSETTA_BIN": "<ROSETTA_BIN>",
                "PYTHON_BIN": "<PYTHON_BIN>",
                "MCP_DEBUG": "<MCP_DEBUG>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "rosetta-mcp-server": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "rosetta-mcp-server"
            ],
            "env": {
                "ROSETTA_BIN": "<ROSETTA_BIN>",
                "PYTHON_BIN": "<PYTHON_BIN>",
                "MCP_DEBUG": "<MCP_DEBUG>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e ROSETTA_BIN=<ROSETTA_BIN> -e PYTHON_BIN=<PYTHON_BIN> -e MCP_DEBUG=<MCP_DEBUG> rosetta-mcp-server npx -y rosetta-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения

## Когда брать
- запустить протокол RosettaScripts на PDB-файле прямо из чата
- перевести XML-протокол в код PyRosetta
- найти аналог функции Rosetta в Biotite
- отловить опечатку в имени элемента XML по схеме
- посчитать энергию структуры с разбивкой по остаткам

## Примеры запросов агенту
- Как сделать релаксацию белка в PyRosetta и есть ли аналог в Biotite?
- Проверь мой `protocol.xml` и скажи, какие элементы не распознаны
- Запусти `rosetta_scripts` на `model.pdb` и покажи пер-резидусные энергии

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md