# RCSB PDB

Сервер связывает ИИ-агента с базой Protein Data Bank для поиска трёхмерных структур белков, сопоставления последовательностей и чтения аннотаций.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 11
- Автор: rcsb
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/rcsb/rcsb-mcp
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/rcsb-pdb

## Что делает

Сервер открывает доступ к трём API RCSB: поисковому движку, GraphQL для подробных данных и сервису координат последовательностей между PDB, UniProt и NCBI. Поиск устроен в два этапа. Сначала генераторы `rcsb_query_*` собирают документ запроса локально без отправки в сеть, а затем инструмент `rcsb_search_request` отправляет его на исполнение и возвращает список идентификаторов.

Логический конструктор `rcsb_query_composer` объединяет разнородные условия через AND или OR. Это позволяет сопоставить сходство аминокислотной цепи по алгоритму MMseqs2 с фильтром по таксономии или химической формуле лиганда. Вспомогательные инструменты переводят обычные названия болезней и ферментов в точные идентификаторы Gene Ontology, MONDO и номера EC.

Для работы сервера в системе требуется установленная утилита `uvx`. Флаг `all_hits=True` не сработает для выборок крупнее 10 000 записей, поэтому объёмные списки результатов придётся запрашивать постранично через `limit` и `offset`.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add rcsb-mcp -- uvx rcsb-mcp
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add rcsb-pdb -- uvx rcsb-mcp
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "rcsb-pdb": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "rcsb-mcp"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "rcsb-pdb": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "rcsb-mcp"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add rcsb-pdb uvx rcsb-mcp
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from rcsb-mcp <команда>

## Когда брать
- найти PDB-структуры белков по последовательности, химической формуле или 3D-мотиву
- выгрузить параметры полимеров и лигандов через GraphQL API
- сопоставить координаты аминокислот между базами PDB, UniProt и NCBI
- составить составной поисковый фильтр с условиями по таксономии и разрешению структуры

## Примеры запросов агенту
- Найди структуры Cas9 с разрешением лучше 2.5 Å через rcsb_query_attribute
- Выполни поиск по схожести аминокислотной последовательности через rcsb_query_sequence
- Получи детали сборки и аннотации для идентификатора 4HHB через Data API

## Похожие
- [rcsb-pdb-skill](https://affpapa.org/nevibecode/skills/rcsb-pdb-skill.md) — скилл · 14 установок
- [pdb-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/pdb-database.md) — скилл · 2200 установок
- [gget](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gget.md) — скилл · 1900 установок
- [reactome-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/reactome-database.md) — скилл · 2200 установок
- [VirtualFlyBrain](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/virtualflybrain.md) — MCP-сервер · ★ 9
- [adaptyv](https://affpapa.org/nevibecode/skills/adaptyv.md) — скилл · 1900 установок

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md