# PubMed Search

MCP-сервер, который даёт агенту доступ к PubMed, Europe PMC, OpenAlex и CORE: ищет статьи, цитаты, полные тексты и подписи к рисункам.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 28
- Автор: u9401066
- Лицензия: не указана · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/u9401066/pubmed-search-mcp
- Обновлён: 2026-10-20
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/pubmed-search

## Что делает

Сервер ставится через `uvx` и работает по stdio. Внутри 41 инструмент: обычный поиск, режим пайплайнов, сбор цитат по цепочке и хроника исследований, где версии сборок сравниваются между собой. Для PMC-статей открытого доступа вытаскивает подписи к рисункам, ссылки на картинки и PDF.

Запросы к NCBI идут с ключом и почтой, поэтому перед установкой нужны `NCBI_API_KEY` и `NCBI_EMAIL`. Есть режим на несколько агентов: сессии по тенантам, кэши, авторизация по bearer-токену. Без ключа сервер не заработает, и это первое, что стоит завести после установки.

Кроме инструментов в комплект входят 26 скиллов для Claude и инструкция для GitHub Copilot в VS Code. Чтобы фильтровать уже виденное в текущей сессии, есть `options="exclude_seen"` — работает только в обычном поиске, в пайплайнах параметр отвергается.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Переменные окружения: `NCBI_EMAIL`, `NCBI_API_KEY` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> --transport stdio pubmed-search -- uvx pubmed-search-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add pubmed-search --env NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -- uvx pubmed-search-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "pubmed-search": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "pubmed-search-mcp"
            ],
            "env": {
                "NCBI_EMAIL": "<NCBI_EMAIL>",
                "NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "pubmed-search": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "pubmed-search-mcp"
            ],
            "env": {
                "NCBI_EMAIL": "<NCBI_EMAIL>",
                "NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e NCBI_EMAIL=<NCBI_EMAIL> -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> pubmed-search uvx pubmed-search-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from pubmed-search-mcp <команда>

## Когда брать
- найти статьи по теме в PubMed и Europe PMC одним запросом
- проследить, кто цитирует ключевую работу
- достать подписи к рисункам и PDF из открытых статей PMC
- сравнить результаты двух прогонов поискового пайплайна
- держать несколько агентов на одном сервере с раздельными сессиями

## Примеры запросов агенту
- Найди в PubMed обзоры по CRISPR за последние два года и покажи самые цитируемые
- Собери цитаты статьи с PMID 31234567 в PubMed и Europe PMC
- Сделай поиск по OpenAlex и отфильтруй то, что уже было в этой сессии

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md