# pubchem-mcp-server

Доступ к базе PubChem из агента: поиск соединений, свойства, безопасность, биоактивность и 3D-структуры без ручных запросов в браузере.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 10
- Автор: cyanheads
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/pubchem-mcp-server

## Что делает

Сервер оборачивает PubChem в набор инструментов для MCP. Поиск идёт по имени, SMILES, InChI, InChIKey, формуле, подструктуре, надструктуре или 2D-сходству (`pubchem_search_compounds`), а по CID агент достаёт физико-химические свойства и классификацию, PNG-схему структуры, координаты 3D-конформера в JSON или SDF, внешние ссылки (PubMed, патенты, гены, номера CAS и EC), данные GHS и профиль биоактивности с целями и значениями активности. Отдельный инструмент ищет биоанализы по биологической цели, ещё один отдаёт сводки по анализам, генам, белкам и таксономии.

Внутри 10 инструментов и 6 ресурсов. Часть данных доступна как URI-ресурсы (`pubchem://compound/{cid}/safety` и подобные), но многие клиенты ресурсы не показывают вообще — тогда придётся работать только через инструменты. Лимиты заметные: до 200 CID на страницу в поиске, до 100 CID в деталях, описания и классификация покрывают первые 10 CID, а сдвиг выдачи по формуле и структуре упирается в 10 000.

Запускать можно удалённо по адресу `https://pubchem.caseyjhand.com/mcp` или локально через `npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server`. Для локального способа понадобится Node.js, а переменные вида `MCP_TRANSPORT_TYPE` и `MCP_HTTP_PORT` в команде установки — заполнители, их значения надо подставить самому. Без них конфиг останется с литеральными `<...>` и сервер не поднимется.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)
- Удалённый сервер: `https://pubchem.caseyjhand.com/mcp`
- Переменные окружения: `MCP_LOG_LEVEL`, `MCP_TRANSPORT_TYPE`, `MCP_SESSION_MODE`, `MCP_HTTP_HOST`, `MCP_HTTP_PORT`, `MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH`, `MCP_AUTH_MODE` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

1. **Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
claude mcp add --transport http pubchem-mcp-server https://pubchem.caseyjhand.com/mcp
```

2. **Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> --env MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --transport stdio pubchem-mcp-server -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера

### Codex

1. **Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
codex mcp add pubchem-mcp-server --url https://pubchem.caseyjhand.com/mcp
```

2. **Командой платформы**
```bash
codex mcp add pubchem-mcp-server --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> --env MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> -- npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "pubchem-mcp-server": {
            "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
        }
    }
}
```
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "pubchem-mcp-server": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
            ],
            "env": {
                "MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
                "MCP_TRANSPORT_TYPE": "<MCP_TRANSPORT_TYPE>",
                "MCP_SESSION_MODE": "<MCP_SESSION_MODE>",
                "MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
                "MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "pubchem-mcp-server": {
            "type": "http",
            "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
        }
    }
}
```
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "pubchem-mcp-server": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "@cyanheads/pubchem-mcp-server"
            ],
            "env": {
                "MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
                "MCP_TRANSPORT_TYPE": "<MCP_TRANSPORT_TYPE>",
                "MCP_SESSION_MODE": "<MCP_SESSION_MODE>",
                "MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
                "MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера

### Gemini CLI

1. **Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
gemini mcp add -t http pubchem-mcp-server https://pubchem.caseyjhand.com/mcp
```

2. **Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> -e MCP_TRANSPORT_TYPE=<MCP_TRANSPORT_TYPE> -e MCP_SESSION_MODE=<MCP_SESSION_MODE> -e MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> -e MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> pubchem-mcp-server npx -y @cyanheads/pubchem-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 2 переменные окружения — в README сервера

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md