# protein-mcp-server

Подключает поиск, скачивание и анализ экспериментальных и предсказанных белковых структур из PDB, AlphaFold DB и UniProt без API-ключей.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 6
- Автор: cyanheads
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/cyanheads/protein-mcp-server
- Обновлён: 2026-10-17
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/protein-mcp-server

## Что делает

Сервер предоставляет 7 инструментов и 2 ресурса (`pdb://` и `af://`) для работы с трёхмерными структурами макромолекул. Он объединяет данные RCSB PDB, AlphaFold DB, 3D-Beacons, Foldseek и InterPro в единый интерфейс. Ассистент может находить записи по тексту, аминокислотной последовательности, организмам или разрешению, а также выгружать прямые ссылки на файлы координат.

Внутри реализованы поиск структурных гомологов через Foldseek и mmseqs2, пространственное выравнивание алгоритмами TM-align или jFATCAT и анализ сайтов связывания лигандов. Для поиска по последовательности требуется цепочка длиной не менее 10 остатков, иначе инструмент вернёт ошибку `invalid_sequence`.

Сервер работает локально через `npx` по протоколу STDIO либо как HTTP-сервис по адресу `https://protein.caseyjhand.com/mcp`. Внешние токены доступа не нужны, поэтому запросы отправляются к открытым базам сразу после подключения.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)
- Переменные окружения: `MCP_LOG_LEVEL`, `MCP_HTTP_HOST`, `MCP_HTTP_PORT`, `MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH`, `MCP_AUTH_MODE` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --env MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> --env MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> --transport stdio protein-mcp-server -- npx -y protein-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add protein-mcp-server --env MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> --env MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> --env MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> --env MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> --env MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> -- npx -y protein-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "protein-mcp-server": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "protein-mcp-server"
            ],
            "env": {
                "MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
                "MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
                "MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>",
                "MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH": "<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH>",
                "MCP_AUTH_MODE": "<MCP_AUTH_MODE>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "protein-mcp-server": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "protein-mcp-server"
            ],
            "env": {
                "MCP_LOG_LEVEL": "<MCP_LOG_LEVEL>",
                "MCP_HTTP_HOST": "<MCP_HTTP_HOST>",
                "MCP_HTTP_PORT": "<MCP_HTTP_PORT>",
                "MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH": "<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH>",
                "MCP_AUTH_MODE": "<MCP_AUTH_MODE>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e MCP_LOG_LEVEL=<MCP_LOG_LEVEL> -e MCP_HTTP_HOST=<MCP_HTTP_HOST> -e MCP_HTTP_PORT=<MCP_HTTP_PORT> -e MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH=<MCP_HTTP_ENDPOINT_PATH> -e MCP_AUTH_MODE=<MCP_AUTH_MODE> protein-mcp-server npx -y protein-mcp-server
```
Вместо <…> подставьте свои значения

## Когда брать
- найти экспериментальные и вычисленные структуры белков по тексту или последовательности
- выгрузить координаты и метаданные моделей из PDB и AlphaFold DB
- сравнить пространственные укладки через TM-align или Foldseek
- найти карманы связывания лигандов и контактные аминокислотные остатки

## Примеры запросов агенту
- Найди структуру человеческого гемоглобина с разрешением лучше 2 Å через protein_search_structures
- Сравни конформации белков 1ABC и 2XYZ методом TM-align с помощью protein_compare_structures
- Определи аминокислоты кармана связывания лиганда HEM в структуре 1A3N через protein_track_ligands

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 584
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md