# Plant Genomics

MCP-сервер даёт агенту доступ к генным базам растений — Ensembl Plants, UniProt, KEGG, STRING, AlphaFold — и собирает ответ из нескольких источников сразу.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 8
- Автор: musharna
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/musharna/plant-genomics-mcp
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/plant-genomics

## Что делает

Сервер подключает 56 инструментов к 23 бесплатным публичным базам данных по растениям, с отдельной проработкой 12 видов. Есть инструменты для генных записей, последовательностей, белковых структур, путей, взаимодействий, гомологии, TF-мотивов и вариаций — агент может запросить локус вроде `AT1G01010` с необязательным `organism=` и получить сводку по нескольким источникам сразу через `gene_report` или batch-инструменты.

Все инструменты помечены как read-only, поэтому сервер только читает данные, ничего не меняет в проекте. Запуск по умолчанию идёт через stdio и не требует настройки, но есть и HTTP-режим `plant-genomics-mcp-http`, который сервер поднимает сам, без публичного эндпоинта.

Авторский бенчмарк на 52 вопросах показал, что без веб-поиска Claude отвечает заметно хуже, чем с этим сервером, а против обычного веб-поиска разница в точности статистически не доказана.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add plant-genomics-mcp -- uvx plant-genomics-mcp
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add plant-genomics -- uvx plant-genomics-mcp
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "plant-genomics": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "plant-genomics-mcp"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "plant-genomics": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "plant-genomics-mcp"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add plant-genomics uvx plant-genomics-mcp
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from plant-genomics-mcp <команда>

## Когда брать
- найти ген Arabidopsis или другого растения по локусу
- получить белковую структуру и домены по гену
- проверить ортологов гена в другом виде
- собрать KEGG-пути и партнёров по взаимодействию для локуса
- сопоставить несколько баз данных по одному гену в одном ответе

## Примеры запросов агенту
- Расскажи всё про ген Arabidopsis AT1G01010 — функцию, GO-термины, пути KEGG и партнёров по взаимодействию
- Найди ортолог гена AT1G01010 у риса и проверь, подтверждают ли его другие базы
- Собери отчёт по гену Os01g0100100 с указанием organism=oryza_sativa

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md