# PhysiCell Configuration Builder

MCP-сервер создаёт, проверяет и экспортирует конфигурации PhysiCell и PhysiBoSS. Подключайте его, когда агенту нужно работать с файлами моделей.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 20
- Автор: marcorusc
- Лицензия: GPL-3.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers/tree/HEAD/physicell
- Обновлён: 2026-10-22
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/physicell-configuration-builder

## Что делает

PhysiCell Configuration Builder работает как MCP-сервер через stdio. Он помогает агенту создавать конфигурационные файлы для PhysiCell и PhysiBoSS, проверять их содержимое и экспортировать готовые настройки.

Сервер входит в пакет `mcp-biomodelling-servers`, который устанавливает зависимости моделирования через `pip` или `uvx`. Для работы нужен Python 3.10–3.15; MCP Python SDK 2.x устанавливается вместе с пакетом.

Для запуска через `uvx` нужен установленный `uv`. Сервер доступен в Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed и Gemini CLI.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add physicell -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add physicell -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "physicell": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "physicell": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add physicell uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

## Когда брать
- собрать конфигурацию PhysiCell
- проверить настройки модели PhysiBoSS
- экспортировать файл конфигурации
- подготовить параметры модели для дальнейшей работы

## Примеры запросов агенту
- Собери конфигурацию PhysiCell для этой модели.
- Проверь настройки PhysiBoSS и найди ошибки в конфигурации.
- Экспортируй готовый файл конфигурации PhysiCell.

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 584
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

Из того же набора: [marcorusc/mcp-biomodelling-servers](https://affpapa.org/nevibecode/by/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.md) — 4 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md