# OpenHCS

MCP-сервер для сборки, валидации и запуска пайплайнов анализа микроскопии высокого разрешения через Claude Code или другие совместимые клиенты.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 6
- Автор: OpenHCSDev
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/OpenHCSDev/openhcs
- Обновлён: 2026-10-20
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/openhcs

## Что делает

OpenHCS связывает графический интерфейс и код на Python в общую систему обработки микроскопических снимков. Архитектура построена по принципу предварительной компиляции. Перед обработкой план проверяет форматы источников, контракты памяти и требования воркеров. Ошибки конфигурации вскрываются сразу, предотвращая падения посреди многочасовых расчётов.

Агент через протокол MCP изучает доступные функции, строит цепочки анализа и запускает вычисления. Снимки, маски объектов и таблицы измерений сохраняются в хранилище PolyStore или передаются напрямую в Napari и Fiji через изолированный ZMQ-транспорт. Для работы понадобятся Python 3.11–3.13 и окружение с утилитой `uvx`.

Пайплайны остаются двусторонними: их можно править в коде или импортировать из существующих файлов CellProfiler `.cppipe`. Наличие дискретной видеокарты не обязательно, поскольку OpenHCS умеет распределять задачи по ядрам процессора через `ProcessPoolExecutor`.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add openhcs -- uvx openhcs
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add openhcs -- uvx openhcs
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "openhcs": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "openhcs"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "openhcs": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "openhcs"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add openhcs uvx openhcs
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from openhcs <команда>

## Когда брать
- проверить пайплайн микроскопии до запуска пакетных вычислений
- сконвертировать цепочку анализа из CellProfiler в исполняемый Python
- настроить потоковую передачу промежуточных снимков в Napari или Fiji
- распределить расчёт показателей по планшетам между процессами или GPU

## Примеры запросов агенту
- Изучи файлы в папке со снимками и собери проверенный пайплайн сегментации клеток
- Сконвертируй пайплайн CellProfiler из `pipeline.cppipe` в конфигурацию OpenHCS
- Запусти валидацию пайплайна и включи стрим результатов в Napari

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 584
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md