# omophub-mcp

Подключает медицинские словари OHDSI к ассистенту. Помогает сопоставлять коды ICD-10, SNOMED и RxNorm без развёртывания локальной базы данных.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 5
- Автор: OMOPHub
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/OMOPHub/omophub-mcp
- Обновлён: 2026-10-21
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/omophub-mcp

## Что делает

Сервер открывает доступ к каталогу понятий ATHENA прямо из интерфейса редактора или терминала. Вместо ручной загрузки объёмных архивов и написания SQL-запросов агент обращается к удалённому индексу через инструменты `search_concepts`, `get_hierarchy` и `map_concept`. Это ускоряет построение когорт.

Внутри реализованы семантический поиск через векторные эмбеддинги, проверка кодов и навигация по иерархиям терминов. Для вызовов серверу обязательно требуется токен `OMOPHUB_API_KEY`. Без действующего ключа авторизации ни один запрос к словарям не выполнится. Запуск возможен локально через `npx` либо в виде отдельного сетевого сервиса.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)
- Переменные окружения: `OMOPHUB_API_KEY` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add omophub-mcp -e OMOPHUB_API_KEY=<OMOPHUB_API_KEY> -- npx -y @omophub/omophub-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add omophub-mcp --env OMOPHUB_API_KEY=<OMOPHUB_API_KEY> -- npx -y @omophub/omophub-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "omophub-mcp": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "@omophub/omophub-mcp"
            ],
            "env": {
                "OMOPHUB_API_KEY": "<OMOPHUB_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "omophub-mcp": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "@omophub/omophub-mcp"
            ],
            "env": {
                "OMOPHUB_API_KEY": "<OMOPHUB_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e OMOPHUB_API_KEY=<OMOPHUB_API_KEY> omophub-mcp npx -y @omophub/omophub-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения

## Когда брать
- найти идентификатор концепта в базе OMOP по клиническому описанию
- сопоставить диагноз из классификатора ICD-10 со стандартом SNOMED
- построить дерево предков и потомков термина для фенотипирования
- проверить корректность медицинских кодов перед формированием выборки

## Примеры запросов агенту
- Найди стандартный идентификатор OMOP для бронхиальной астмы.
- Сопоставь код МКБ-10 E11.9 с соответствующим понятием в SNOMED.
- Покажи всех прямых потомков диагноза гипертоническая болезнь в словаре SNOMED.

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 584
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md