# NeKo Biological Network Builder

Собирает и разбирает сети сигнальных путей по данным баз взаимодействий. Нужен, когда модель надо строить не с нуля, а из известных связей.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 20
- Автор: marcorusc
- Лицензия: GPL-3.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers/tree/HEAD/neko
- Обновлён: 2026-10-22
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/neko-biological-network-builder

## Что делает

NeKo — один из четырёх серверов пакета `mcp-biomodelling-servers`. Он берёт взаимодействия из баз и складывает из них сеть сигнальных путей, а потом помогает её разбирать. Остальные три сервера в пакете — MaBoSS, BioMASS и PhysiCell, у каждого своя задача.

Ставится пакет целиком: `python -m pip install mcp-biomodelling-servers`. Вместе с ним приезжают зависимости моделирования, включая `nekomata` от 1.10.2 и ниже 2.0, и PyGraphviz. Графы NeKo рисуются через PyGraphviz, чьи колёса несут Graphviz внутри, поэтому отдельный `dot` в системе не нужен. Нужен Python 3.10–3.15. Есть и изолированный запуск: `uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server`.

Сервер общается по stdio. В терминале он просто ждёт клиента на стандартном входе. Если резолвер пакетов настроен отвергать все предрелизы, установка сорвётся: движок `cmaboss` живёт только в сборках `1.0.0b*`.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add neko -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add neko -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "neko": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "neko": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add neko uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

## Когда брать
- собрать сеть сигнальных путей из записей баз взаимодействий
- разобрать готовую сеть на узлы и связи
- подключить биологическое моделирование к агенту в редакторе
- запустить NeKo в изолированном окружении без правки конфигов
- нарисовать схему истории сети

## Примеры запросов агенту
- Собери сеть сигнальных путей по взаимодействиям из базы и покажи, какие узлы в неё вошли
- Разбери эту сеть: какие связи ведут к узлу-хабу
- Запусти NeKo через `uvx --from mcp-biomodelling-servers mcp-neko-server` и построй схему истории сети

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

Из того же набора: [marcorusc/mcp-biomodelling-servers](https://affpapa.org/nevibecode/by/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.md) — 4 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md