# Micro-Manager Microscope

MCP-сервер связывает ИИ-агента с микроскопом под управлением Micro-Manager. Через него можно получать изображения, менять положение столика и фокус, настраивать каналы и запускать серии снимков.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 23
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/lab-instrument-mcps/tree/HEAD/servers/biology/micro-manager
- Обновлён: 2026-09-26
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/micro-manager-microscope

## Что делает

Сервер использует Micro-Manager MMCore через `pymmcore-plus`. Агент может читать сведения о микроскопе и его положении, менять экспозицию и конфигурационные группы, управлять затвором, перемещать столик и фокус, запускать автофокус, получать z-stack или интервальную съёмку. Снимки сохраняются в многостраничный TIFF.

Для подключения нужен файл конфигурации Micro-Manager `.cfg` и совместимые с версией `pymmcore` библиотеки адаптеров устройств; драйверы и SDK производителя камеры устанавливаются отдельно. Приложение Micro-Manager нужно закрыть перед подключением: устройство нельзя открыть одновременно в двух программах. Проверяйте конфигурацию и ограничения перемещения до команд, которые двигают оборудование.

Сервер проверен на симуляторе и тестовых устройствах `pymmcore-plus`, но работа на реальном микроскопе ещё не подтверждена. Для пробного запуска можно использовать `uvx labmcp-micro-manager --simulate --check`; режим `--read-only` разрешает чтение параметров, но блокирует съёмку и перемещение.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Переменные окружения: `LABMCP_ADDRESS`, `LABMCP_SIMULATE`, `LABMCP_READ_ONLY`, `LABMCP_LIMITS` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> --transport stdio micro-manager -- uvx labmcp-micro-manager
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-micro-manager <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add micro-manager --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> -- uvx labmcp-micro-manager
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-micro-manager <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "micro-manager": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "labmcp-micro-manager"
            ],
            "env": {
                "LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
                "LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
                "LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
                "LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-micro-manager <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "micro-manager": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "labmcp-micro-manager"
            ],
            "env": {
                "LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
                "LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
                "LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
                "LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-micro-manager <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> -e LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> -e LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> -e LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> micro-manager uvx labmcp-micro-manager
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-micro-manager <команда>

## Когда брать
- снять изображение с камеры микроскопа
- получить z-stack вокруг текущего фокуса
- собрать интервальную съёмку и сохранить её в TIFF
- прочитать положение столика и фокуса
- переключить канал или объектив через конфигурационную группу

## Примеры запросов агенту
- Проверь подключённый микроскоп и покажи его устройства, положение и ограничения.
- Сними z-stack вокруг текущего фокуса и сохрани результат в TIFF.
- Сделай интервальную съёмку в текущем положении и сообщи, как менялась интенсивность.

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5585
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3235
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2418
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1723

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md