# Mass Spectrometry Data (mzML, Bruker TDF, vendor conversion)

Даёт агенту доступ к файлам LC-MS: список прогонов, хроматограммы, спектры, поиск MS2 по прекурсору и быстрый QC.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 23
- Автор: K-Dense-AI
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/K-Dense-AI/lab-instrument-mcps/tree/HEAD/servers/chemistry/ms-data
- Обновлён: 2026-09-26
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/mass-spectrometry-data-mzml-bruker-tdf-vendor-conversion

## Что делает

Сервер читает прогоны LC-MS из папки с данными: перечисляет файлы, показывает параметры прибора и сбора, строит TIC и BPC, извлекает ионные хроматограммы с вершиной и площадью, ищет MS2-сканы по m/z прекурсора. Форматы mzML, mzML.gz и mzMLb разбираются через pyteomics, Bruker timsTOF (`.d`, TDF) читается напрямую по схеме SQLite и через timsrust. Это сервер данных: железом он не управляет.

Вендорские файлы Thermo, Waters, Agilent, SCIEX, Shimadzu и Bruker BAF конвертируются в mzML тем конвертером, который вы поставили сами. Пакет не тащит и не скачивает вендорские библиотеки. Варианты: ThermoRawFileParser для Thermo на любой ОС, msconvert из ProteoWizard на Windows, либо msconvert в Docker на Linux и macOS. В последнем случае вы принимаете вендорские лицензии, а на Apple Silicon контейнер идёт через эмуляцию x86-64 и работает медленно.

Папку данных задаёт `--address`; по умолчанию берётся текущая директория. Без `--address` сервер не стартует в корне файловой системы, куда многие MCP-клиенты его запускают. Агент видит только эту папку: пути с `..`, абсолютные пути наружу и симлинки за её пределы отклоняются. Флаг `--read-only` убирает `convert_to_mzml` — единственный инструмент, который пишет файл данных; выгрузки CSV с `save_path` внутри папки остаются. Имя для `save_path` должно оканчиваться на `.csv`, существующий файл не перезаписывается без `overwrite=true`.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Переменные окружения: `LABMCP_ADDRESS`, `LABMCP_SIMULATE`, `LABMCP_READ_ONLY`, `LABMCP_LIMITS` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> --transport stdio ms-data -- uvx labmcp-ms-data
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add ms-data --env LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> --env LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> --env LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> --env LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> -- uvx labmcp-ms-data
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "ms-data": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "labmcp-ms-data"
            ],
            "env": {
                "LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
                "LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
                "LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
                "LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "ms-data": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "labmcp-ms-data"
            ],
            "env": {
                "LABMCP_ADDRESS": "<LABMCP_ADDRESS>",
                "LABMCP_SIMULATE": "<LABMCP_SIMULATE>",
                "LABMCP_READ_ONLY": "<LABMCP_READ_ONLY>",
                "LABMCP_LIMITS": "<LABMCP_LIMITS>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e LABMCP_ADDRESS=<LABMCP_ADDRESS> -e LABMCP_SIMULATE=<LABMCP_SIMULATE> -e LABMCP_READ_ONLY=<LABMCP_READ_ONLY> -e LABMCP_LIMITS=<LABMCP_LIMITS> ms-data uvx labmcp-ms-data
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from labmcp-ms-data <команда>

## Когда брать
- посмотреть, какие прогоны LC-MS лежат в папке
- вытащить параметры прибора и метода сбора
- построить TIC или BPC по прогону
- найти MS2-сканы по заданному m/z прекурсора
- посчитать площадь и вершину ионной хроматограммы

## Примеры запросов агенту
- Покажи список прогонов в папке с данными и параметры прибора
- Построй BPC для последнего прогона и подпиши, какой ион доминирует
- Найди MS2-сканы с прекурсором m/z 195.08 в окне удержания

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md