# MaBoSS Boolean Network Simulator

Запускает стохастическое моделирование булевых сетей и анализ аттракторов прямо через ассистента. Пригодится биологам при проверке клеточных моделей без ручной сборки симулятора.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 20
- Автор: marcorusc
- Лицензия: GPL-3.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers/tree/HEAD/maboss
- Обновлён: 2026-10-22
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/maboss-boolean-network-simulator

## Что делает

Сервер настраивает и симулирует стохастические булевы модели в системной биологии с помощью библиотеки `pyMaBoSS`. Обмен сообщениями идёт по протоколу MCP через стандартный ввод-вывод. Внешний бинарник MaBoSS не требуется.

Внутри пакета `mcp-biomodelling-servers` за запуск отвечает скрипт `mcp-maboss-server`. Для расчётов используется скомпилированный C++ движок `cmaboss`, упакованный сразу в готовые дистрибутивы. Колёса собраны под Linux, macOS и Windows.

Для работы нужен Python от 3.10 до 3.15. Если в окружении включён строгий запрет pre-release пакетов, установка завершится ошибкой: движок `cmaboss` пока публикуется только в виде сборок `1.0.0b*`. Первый запуск через `uvx` скачивает около 1 GB зависимостей.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add maboss -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add maboss -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "maboss": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "maboss": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add maboss uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

## Когда брать
- смоделировать динамику стохастической булевой сети
- провести анализ аттракторов для клеточных процессов
- оценить вероятности конечных фенотипов без ручного вызова CLI

## Примеры запросов агенту
- Запусти стохастическую симуляцию булевой модели из файла `model.bnd` и покажи вероятности состояний.
- Выполни анализ аттракторов для этой сигнальной сети и найди стабильные фенотипы.

## Похожие
- [game-strategy-simulator](https://affpapa.org/nevibecode/skills/game-strategy-simulator.md) — скилл · 385 установок
- [blender-optics-simulator](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/blender-optics-simulator.md) — MCP-сервер · ★ 24
- [Kshana PNT-resilience simulator](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/kshana-pnt-resilience-simulator.md) — MCP-сервер · ★ 6
- [project-timeline-simulator](https://affpapa.org/nevibecode/commands/project-timeline-simulator.md) — команда · 253 установки
- [monte-carlo-simulator](https://affpapa.org/nevibecode/commands/monte-carlo-simulator.md) — команда · 193 установки
- [tooluniverse](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/tooluniverse.md) — MCP-сервер · ★ 1760

Из того же набора: [marcorusc/mcp-biomodelling-servers](https://affpapa.org/nevibecode/by/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.md) — 4 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md