# GeneBe

Подключает к ассистенту данные о генетических вариантах: классификация ACMG с баллами, частоты gnomAD, ClinVar. Для исследовательской работы.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI
- Автор: genebe-net
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/genebe-net/genebe-mcp
- Обновлён: 2026-10-22
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/genebe

## Что делает

GeneBe MCP даёт ассистенту возможность не угадывать клинический статус варианта, а смотреть его в базе. На вход принимается любая запись: геномные координаты, HGVS, rsID или SPDI; сборки hg19, hg38 и T2T поддерживаются через liftover. По умолчанию сборка hg38.

Ответ приходит с обоснованием: классификация ACMG по баллам, каждый критерий с пояснением, частоты gnomAD, оценки in-silico предикторов, данные ClinVar, последствия по каждому транскрипту и ссылка на страницу GeneBe. Большие списки обрезаются, поэтому один вызов стоит примерно 1–3k токенов.

Сервер удалённый, регистрация и ключ API не нужны — добавляется только URL `https://mcp.genebe.net/v1/mcp`. Доступ только на чтение, файлы VCF и данные пациентов не отправляются. Классификации нельзя использовать в клинической практике без проверки квалифицированным специалистом: это не медицинское изделие и не диагноз.

## Требования
- Удалённый сервер: `https://mcp.genebe.net/v1/mcp`

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
claude mcp add --transport http genebe-mcp https://mcp.genebe.net/v1/mcp
```

### Codex

**Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
codex mcp add genebe --url https://mcp.genebe.net/v1/mcp
```

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "genebe": {
            "url": "https://mcp.genebe.net/v1/mcp"
        }
    }
}
```

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "genebe": {
            "type": "http",
            "url": "https://mcp.genebe.net/v1/mcp"
        }
    }
}
```

### Gemini CLI

**Командой платформы: удалённый сервер**
```bash
gemini mcp add -t http genebe https://mcp.genebe.net/v1/mcp
```

## Когда брать
- проверить, доброкачественный ли вариант NM_005577.4:c.4195A>C
- объяснить, почему вариант получил именно такую классификацию ACMG
- перевести rs41272110 в координаты hg38
- посмотреть последствия варианта на каждом транскрипте
- поднять частоты gnomAD и данные ClinVar по одному варианту

## Примеры запросов агенту
- Проверь вариант chr6-160585140-T-G и объясни, почему он классифицирован именно так
- Переведи rs41272110 в hg38 и покажи последствия на каждом транскрипте
- Что известно про ген LPA: идентификаторы, MANE Select, транскрипты

## Похожие
- [tooluniverse-variant-interpretation](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-variant-interpretation.md) — скилл · 351 установка
- [clinvar-database](https://affpapa.org/nevibecode/skills/clinvar-database.md) — скилл · 2200 установок
- [tooluniverse-structural-variant-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-structural-variant-analysis.md) — скилл · 372 установки
- [alphagenome-single-variant-analysis](https://affpapa.org/nevibecode/skills/alphagenome-single-variant-analysis.md) — скилл · 2200 установок
- [gtars](https://affpapa.org/nevibecode/skills/gtars.md) — скилл · 1900 установок
- [genomic-intelligence](https://affpapa.org/nevibecode/skills/genomic-intelligence.md) — скилл · 939 установок

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md