# galaxy-mcp

Подключает ассистента к биоинформатической платформе Galaxy. Помогает запускать инструменты анализа данных, отслеживать пайплайны и выгружать результаты прямо в чате.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 39
- Автор: galaxyproject
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/galaxyproject/galaxy-mcp
- Обновлён: 2026-10-23
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/galaxy-mcp

## Что делает

Сервер связывает клиент с рабочей копией Galaxy через протокол MCP по `stdio` или HTTP. Модель получает доступ к каталогу вычислительных утилит, может проверять входные параметры и запускать расчёты. Доступно управление историями, наборами данных и коллекциями, а также импорт готовых цепочек обработки из каталога Intergalactic Workflow Commission.

Для локальной связки нужны действующий `GALAXY_URL` и персональный `GALAXY_API_KEY`. Без корректного ключа сервер не сможет отправлять задания в очередь. Отдельный режим `code-mode` сворачивает весь реестр до трёх мета-инструментов, чтобы экономить контекст агента, а дополнительный пакет `container-recommend` проверяет образы BioContainers в реестре `quay.io`.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)
- Переменные окружения: `GALAXY_URL`, `GALAXY_API_KEY` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add galaxy-mcp -e GALAXY_URL=<GALAXY_URL> -e GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> -- uvx galaxy-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add galaxy-mcp --env GALAXY_URL=<GALAXY_URL> --env GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> -- uvx galaxy-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "galaxy-mcp": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "galaxy-mcp"
            ],
            "env": {
                "GALAXY_URL": "<GALAXY_URL>",
                "GALAXY_API_KEY": "<GALAXY_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "galaxy-mcp": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "galaxy-mcp"
            ],
            "env": {
                "GALAXY_URL": "<GALAXY_URL>",
                "GALAXY_API_KEY": "<GALAXY_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e GALAXY_URL=<GALAXY_URL> -e GALAXY_API_KEY=<GALAXY_API_KEY> galaxy-mcp uvx galaxy-mcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from galaxy-mcp <команда>

## Когда брать
- Запустить биоинформатический расчёт на сервере Galaxy прямо из диалога
- Импортировать и отслеживать цепочки обработки из каталога IWC
- Загрузить исходные файлы в историю анализа и скачать результаты
- Собрать отчёт в разметке Galaxy Markdown с привязкой к данным

## Примеры запросов агенту
- Проверь статус последнего запуска в моей активной истории Galaxy
- Найди в каталоге пайплайн сборки генома и покажи его обязательные параметры
- Загрузи fastq-файл по ссылке и подготовь для него новую историю

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md