# ENCODE Toolkit

20 инструментов и 47 скиллов к проекту ENCODE: поиск экспериментов, выгрузка данных, аналитические пайплайны и сшивка с другими базами.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 21
- Автор: ammawla
- Лицензия: AGPL-3.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/ammawla/encode-toolkit
- Обновлён: 2026-09-27
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/encode-toolkit

## Что делает

Сервер даёт агенту доступ к живому API ENCODE: ищет эксперименты ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, Hi-C, WGBS и CUT&RUN, скачивает файлы и запускает пайплайны анализа. Сверху идут скиллы — 47 штук — которые подсказывают модели, как ходить в GTEx, ClinVar, GWAS Catalog, gnomAD, Ensembl, UCSC, GEO и JASPAR.

Установка простая, но требует Node.js: сервер запускается через `npx -y encode-toolkit`, отдельный ключ API не нужен — все базы публичные. Если ставите плагин целиком, получаете и инструменты, и скиллы, и коннектор MCP.

Есть оговорка по статусу: версия 0.3.4 помечена как beta. Для исследовательской работы это нормально, для конвейера, от которого зависит публикация, — повод сначала прогнать свои сценарии на тестовых данных. Лицензия AGPL-3.0: если встраиваете сервер в свой сервис, условия копилефта придётся соблюдать.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add encode-toolkit -- npx -y encode-toolkit
```

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add encode-toolkit -- npx -y encode-toolkit
```

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "encode-toolkit": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "encode-toolkit"
            ]
        }
    }
}
```

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "encode-toolkit": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "encode-toolkit"
            ]
        }
    }
}
```

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add encode-toolkit npx -y encode-toolkit
```

## Когда брать
- найти эксперименты ChIP-seq по нужной ткани и фактору
- выгрузить файлы ENCODE и не запутаться в форматах
- проверить значимость варианта в ClinVar и gnomAD
- сопоставить пики с позициями из GWAS Catalog
- собрать раздел методов со ссылками на источники

## Примеры запросов агенту
- Найди все эксперименты ChIP-seq по гистонам для ткани поджелудочной железы человека
- Скачай пики для этого эксперимента и покажи, какие гены рядом
- Сверь эти варианты с ClinVar и gnomAD и собери таблицу

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md