# Cytoscape Desktop MCP

Управляет запущенным Cytoscape Desktop через MCP: загружает сети, меняет виды и помогает оформлять биологические графы.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 8
- Автор: cytoscape
- Лицензия: BSD-3-Clause · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/cytoscape/cytoscape-desktop-mcp
- Обновлён: 2026-09-01
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/cytoscape-desktop-mcp

## Что делает

Cytoscape Desktop MCP подключает ИИ-агента к запущенному Cytoscape Desktop по HTTP. Сервер умеет загружать сети из NDEx или файла, получать доступные виды, выбирать текущий вид и создавать новый. Он также поддерживает раскладку и стилизацию биологических сетей.

Сервер встраивается в Cytoscape как приложение и публикует MCP endpoint внутри CyREST. В интерфейсе появляется кнопка MCP со статусом подключения, а вызовы инструментов попадают в Task History. Для диагностики доступны адреса `http://localhost:{rest.port}/mcp/health` и `http://localhost:{rest.port}/mcp/manifest`.

Нужен Cytoscape Desktop 3.10 или новее и MCP-клиент с транспортом Streamable HTTP. Для загрузки сетей из NDEx требуется интернет. Без запущенного Cytoscape или с неправильным `CYREST_PORT` соединение не установится; интерфейс сервера экспериментальный и может меняться.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)
- Переменные окружения: `CYREST_PORT` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add --env CYREST_PORT=<CYREST_PORT> --transport stdio cytoscape-desktop-mcp -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add cytoscape-desktop-mcp --env CYREST_PORT=<CYREST_PORT> -- npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "cytoscape-desktop-mcp": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
            ],
            "env": {
                "CYREST_PORT": "<CYREST_PORT>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "cytoscape-desktop-mcp": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "@cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge"
            ],
            "env": {
                "CYREST_PORT": "<CYREST_PORT>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e CYREST_PORT=<CYREST_PORT> cytoscape-desktop-mcp npx -y @cytoscape/cytoscape-desktop-mcp-bridge
```
Вместо <…> подставьте свои значения

## Когда брать
- загрузить сеть из NDEx или файла
- получить список доступных видов сети
- выбрать текущий вид в Cytoscape
- создать новый вид сети
- проверить вызовы MCP-инструментов в Task History

## Примеры запросов агенту
- Открой сеть в Cytoscape Desktop и подготовь её к анализу.
- Загрузи биологическую сеть из NDEx и выбери её текущий вид.
- Создай новый вид для загруженной сети и примени к нему раскладку.

## Похожие
- [Desktop Control](https://affpapa.org/nevibecode/skills/desktop-control.md) — скилл · 4000 установок
- [desktop-commander-overview](https://affpapa.org/nevibecode/skills/desktop-commander-overview.md) — скилл · 2500 установок
- [godot-platform-desktop](https://affpapa.org/nevibecode/skills/godot-platform-desktop.md) — скилл · 372 установки
- [Desktop Commander](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/desktop-commander.md) — MCP-сервер · ★ 10134
- [Remote Desktop Commander](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/remote-desktop-commander.md) — MCP-сервер · ★ 194
- [desktop-touch-mcp](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/desktop-touch-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 23

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md