# ChatSpatial

ChatSpatial запускает анализ пространственной транскриптомики через MCP: модель выбирает инструменты и параметры из заданных схем. Подойдёт для работы с пространственными данными и биологическими методами анализа.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 45
- Автор: cafferychen777
- Лицензия: MIT · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/cafferychen777/ChatSpatial
- Обновлён: 2026-10-20
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/chatspatial

## Что делает

Сервер предоставляет 20 MCP-инструментов для работы с 67 методами в 13 аналитических категориях. Среди задач — загрузка и предобработка данных, визуализация, поиск пространственных доменов, анализ экспрессии и межклеточных взаимодействий. Поддерживаются 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH и seqFISH.

Вместо генерации произвольного скрипта модель выбирает инструмент и его параметры из схемы. Это помогает воспроизводить рабочие процессы между сессиями и клиентами. Подключение использует STDIO; для HTTP нужно отдельно настроить Streamable HTTP.

Для установки через Claude Code нужна команда `uvx`: `claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial`. После добавления перезапустите MCP-клиент. Некоторые методы требуют отдельных компонентов: например, SpaGCN входит в дополнительный набор `spatial-domains`.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add chatspatial -- uvx chatspatial
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add chatspatial -- uvx chatspatial
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "chatspatial": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "chatspatial"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "chatspatial": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "chatspatial"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add chatspatial uvx chatspatial
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from chatspatial <команда>

## Когда брать
- загрузить пространственные данные и подготовить их к анализу
- построить визуализацию экспрессии генов по координатам
- найти пространственные домены в ткани
- оценить взаимодействия между типами клеток
- сравнить экспрессию генов между группами

## Примеры запросов агенту
- Загрузи пространственные данные и покажи экспрессию выбранного гена по координатам.
- Найди пространственные домены в этом наборе данных с помощью Leiden.
- Оцени взаимодействия между типами клеток в образце.

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417
- [MATLAB MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/matlab-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 1716
- [Hex Research](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/hex-research.md) — MCP-сервер · ★ 583
- [DocsAgent — Zotero, Obsidian & Apple Notes MCP Server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/docsagent-zotero-obsidian-apple-notes-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 578

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md