# BioMCP-TS

Даёт агенту доступ к генам, вариантам, клиническим испытаниям, литературе и патентам. Пригодится, когда нужно быстро собрать медицинскую справку прямо в редакторе.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 12
- Автор: yeyuan98
- Лицензия: Apache-2.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/yeyuan98/biomcp-ts
- Обновлён: 2026-10-24
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/biomcp-ts

## Что делает

BioMCP-TS — один stdio MCP-сервер, который федеративно опрашивает десятки биоинформатических и фармацевтических баз. Внутри четыре группы инструментов: гены (поиск, карточка с опциональными секциями, ассоциированные болезни и препараты, испытания, статьи, обогащение путей через Reactome), варианты (по rsid или HGVS, частоты, предсказания, аннотации OncoKB), препараты и болезни — у каждой есть поиск и связки с испытаниями. Литература ищется сразу по нескольким бэкендам, есть отдельный режим только препринтов bioRxiv/medRxiv. Ответы обёрнуты в конверт с `results`, `warnings` и `errors`, поэтому сбой отдельного источника виден, а не маскируется пустой выдачей.

Запускается командой `npx -y biomcp`, нужен Node не ниже 22.13. Часть инструментов без ключа не заработает: для аннотаций вариантов нужен `ONCOKB_TOKEN`, остальные ключи вроде `NCBI_API_KEY` или `S2_API_KEY` передаются переменными окружения при регистрации сервера. Есть диагностика `npx -y biomcp doctor` — она проверяет версию Node, конфиг и доступность опциональных возможностей. Опциональные тулбоксы для локальной работы с базами, R и biowasm включаются флагами `ANALYSIS_R`, `ANALYSIS_BIOWASM` и `DB_TYPE`.

Если на одной машине крутится несколько агентов, каждый процесс считает лимит arXiv (1 запрос / 3 с) сам по себе — суммарно лимит не согласуется. Для такой схемы в README советуют поднять один общий демон `biomcp serve`. Лицензия Apache-2.0.

## Требования
- Нужно: Node.js (команды через npx)
- Переменные окружения: `ANALYSIS_BIOWASM`, `ANALYSIS_R`, `DB_TYPE`, `NCBI_API_KEY`, `S2_API_KEY`, `OPENFDA_API_KEY`, `ONCOKB_TOKEN`, `DISGENET_API_KEY` — это ключи и токены: значения спроси у человека, в репозиторий и общие файлы не записывай.

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add biomcp-ts -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -e S2_API_KEY=<S2_API_KEY> -e OPENFDA_API_KEY=<OPENFDA_API_KEY> -e ONCOKB_TOKEN=<ONCOKB_TOKEN> -e DISGENET_API_KEY=<DISGENET_API_KEY> -- npx -y biomcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add biomcp-ts --env ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM> --env ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R> --env DB_TYPE=<DB_TYPE> --env NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> --env S2_API_KEY=<S2_API_KEY> -- npx -y biomcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "biomcp-ts": {
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "biomcp"
            ],
            "env": {
                "ANALYSIS_BIOWASM": "<ANALYSIS_BIOWASM>",
                "ANALYSIS_R": "<ANALYSIS_R>",
                "DB_TYPE": "<DB_TYPE>",
                "NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>",
                "S2_API_KEY": "<S2_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "biomcp-ts": {
            "type": "stdio",
            "command": "npx",
            "args": [
                "-y",
                "biomcp"
            ],
            "env": {
                "ANALYSIS_BIOWASM": "<ANALYSIS_BIOWASM>",
                "ANALYSIS_R": "<ANALYSIS_R>",
                "DB_TYPE": "<DB_TYPE>",
                "NCBI_API_KEY": "<NCBI_API_KEY>",
                "S2_API_KEY": "<S2_API_KEY>"
            }
        }
    }
}
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add -e ANALYSIS_BIOWASM=<ANALYSIS_BIOWASM> -e ANALYSIS_R=<ANALYSIS_R> -e DB_TYPE=<DB_TYPE> -e NCBI_API_KEY=<NCBI_API_KEY> -e S2_API_KEY=<S2_API_KEY> biomcp-ts npx -y biomcp
```
Вместо <…> подставьте свои значения. Ещё 3 переменные окружения — в README сервера

## Когда брать
- найти клинические испытания по конкретному гену
- подтянуть аннотации OncoKB для варианта
- собрать свежие препринты по теме
- посмотреть, какие препараты нацелены на ген
- проверить ассоциации болезни с генами и путями

## Примеры запросов агенту
- Найди клинические испытания по гену ERBB2 и кратко перескажи фазы.
- Что известно про вариант rs113488022? Проверь частоты и клиническую значимость.
- Собери статьи про CRISPR за последний год, только препринты.

## Похожие
- [Zotero MCP](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/zotero-mcp.md) — MCP-сервер · ★ 5548
- [arxiv-mcp-server](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/arxiv-mcp-server.md) — MCP-сервер · ★ 3231
- [PaperBanana](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/paperbanana.md) — MCP-сервер · ★ 2417

_Часть страницы не вошла по размеру — она есть в HTML-версии._

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md