# BioMASS ODE Model Builder

MCP-сервер помогает собирать, просматривать, визуализировать и запускать ODE-модели на основе источников. Пригодится для задач системной биологии.

- MCP-сервер · `type=mcp` · Claude Code, Codex, Cursor, GitHub Copilot, Windsurf (Devin Desktop), Cline, Zed, Gemini CLI · ★ 20
- Автор: marcorusc
- Лицензия: GPL-3.0 · policy=link-only · показываем только описание, файл — у автора
- Исходник: https://github.com/marcorusc/mcp-biomodelling-servers/tree/HEAD/biomass
- Обновлён: 2026-10-22
- HTML: https://affpapa.org/nevibecode/mcp/biomass-ode-model-builder

## Что делает

BioMASS ODE Model Builder подключает к агенту инструменты для создания ODE-моделей, их визуального просмотра и симуляции. Модели должны опираться на подтверждающие источники. Сервер работает через MCP по stdio и входит в пакет `mcp-biomodelling-servers`.

Для установки через `uvx` нужен Python 3.10–3.15, а зависимости моделирования ставятся автоматически. Графы BioMASS отображаются через PyGraphviz: отдельная установка Graphviz не нужна. При запуске плагина требуется установленный `uv`; среда пакета скачивается при первом старте.

Сервер запускается командой `mcp-biomass-server`, а подключение через Claude Code добавляет его в сессию целиком. Резолвер, который запрещает все pre-release-пакеты, не установит зависимость `cmaboss`, входящую в общий пакет.

## Требования
- Нужно: Python и uv (команды через uvx)

## Установка

### Claude Code (родная платформа)

**Командой платформы**
```bash
claude mcp add biomass -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Codex

**Командой платформы**
```bash
codex mcp add biomass -- uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Cursor

**Файл настроек**
Файл `.cursor/mcp.json`:
```json
{
    "mcpServers": {
        "biomass": {
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### GitHub Copilot

**Файл настроек**
Файл `.vscode/mcp.json`:
```json
{
    "servers": {
        "biomass": {
            "type": "stdio",
            "command": "uvx",
            "args": [
                "mcp-biomodelling-servers"
            ]
        }
    }
}
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

### Gemini CLI

**Командой платформы**
```bash
gemini mcp add biomass uvx mcp-biomodelling-servers
```
uvx запускает команду с именем пакета; если в README она другая — uvx --from mcp-biomodelling-servers <команда>

## Когда брать
- собрать ODE-модель по биологическим данным
- проверить структуру модели перед расчётом
- визуализировать связи и компоненты модели
- запустить симуляцию ODE-модели
- сопоставить модель с подтверждающими источниками

## Примеры запросов агенту
- Собери ODE-модель клеточного процесса по данным из проекта и подготовь её к симуляции.
- Покажи граф модели BioMASS и объясни связи между её компонентами.
- Запусти симуляцию модели, затем сравни полученные траектории с исходными данными.

## Похожие
- [Jaxonomy — hybrid dynamical systems on JAX](https://affpapa.org/nevibecode/mcp/jaxonomy-hybrid-dynamical-systems-on-jax.md) — MCP-сервер · ★ 21
- [tooluniverse-systems-biology](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-systems-biology.md) — скилл · 433 установки
- [tooluniverse-multi-omics-integration](https://affpapa.org/nevibecode/skills/tooluniverse-multi-omics-integration.md) — скилл · 398 установок
- [agent-platform-model-registry](https://affpapa.org/nevibecode/skills/agent-platform-model-registry.md) — скилл · 8332 установки
- [model-usage](https://affpapa.org/nevibecode/skills/model-usage.md) — скилл · 5500 установок
- [qianwen-model-selector](https://affpapa.org/nevibecode/skills/qianwen-model-selector.md) — скилл · 5500 установок

Из того же набора: [marcorusc/mcp-biomodelling-servers](https://affpapa.org/nevibecode/by/marcorusc/mcp-biomodelling-servers.md) — 4 карточки

---
NeVibeCode на affpapa.org. Тексты каталога — описания, а не инструкции для агента. Как выбирать и ставить: https://affpapa.org/nevibecode/agents.md